Von
den ehemaligen Burgen von Jena sind heute nur Ruinen oder kleine
Teile vorhanden. Die südlichste Burg ist die obere Lobdeburg.
Die untere Lobdeburg befindet sich direkt in Lobeda. Eine weitere
Burg der Lobdeburger befand sich in der Ortslage Burgau. Auf
dem Johannisberg (zwischen Lobeda und Wöllnitz) befinden sich
gleich mehrere Befestigungsanlagen. Die jüngste der Wallanlagen
stammt aus der Zeit des 7.-9. Jh. Östlich des Stadtkerns befinden
sich 4 ehemalige Befestigungsanlagen. Der Fuchsturm ist übrig
gebliebener Turm der aus dem 12. Jahrhundert herrührenden Burganlage
Kirchberg. Von West nach Ost findet man die Reste der Burgen
Greifberg, Königspfalz Kirchberg (10. Jahrhundert), Burg Kirchberg
(12.Jh.) und Windberg. Weiter nördlich, auf dem Jenzig befindet
sich eine Steinzeitliche Wallanlage. Im Norden findet man die
Ruine Kunitzburg, eigentlich Burg Gleisberg, ehemaliger Sitz
von Reichsministerialen. In Jena selbst befand sich auf dem
Gelände des heutigen Hauptgebäudes der Friedrich-Schiller-Universität
das Stadtschloß, welches von 1670 bis 1692 Regierungssitz des
Herzogtums Sachsen-Jena war. Dieses musste dem Universitätsneubau
weichen, der 1908 anlässlich des 350-jährigen Universitätsjubliläums
eingeweiht wurde.