Den
ältesten Friedhof in Jena hat man im Bereich der Kirche „Unserer
lieben Frauen“ in Wenigenjena entdeckt. Er reicht ins 9. Jahrhundert
zurück. Daher wird von Stadtarchäologen Matthias Rupp angenommen,
dass in Wenigenjena der Ursprung und das erste Siedlungsgebiet
Jenas liegt. Der größte Friedhof in Jena ist der Nordfriedhof,
an zweiter Stelle steht der Ostfriedhof (1912 eingeweiht). Daneben
gibt es noch den historisch interessanten Johannisfriedhof,
der wahrscheinlich im Zuge der planmäßigen Stadtanlage Jenas
außerhalb der Stadtmauern errichtet und seit dem Mittelalter
genutzt wurde. Im Laufe des 19. Jh. wurde er zu klein für die
expandierende Stadt, und so wurde der Grundstein für den Nordfriedhof
gelegt; der Johannisfriedhof wird seit 1978 nur noch als Park
genutzt. Auf seinem Gelände befindet sich die Friedenskirche.
Der Johannisfriedhof erstreckte sich früher auch bis zur katholischen
Kirche, jedoch wurde er durch den Bau der heutigen Bundesstraße
B7 nach Weimar stark verkleinert. Weitere Friedhöfe finden sich
in den jeweiligen eingemeindeten Dörfern. In den Kirchen der
Stadt finden sich vor allem Grabgelege der Pastoren und vornehmen
Herren der Stadt Jena. So gab es diese in St. Michael, in der
Kollegienkirche, dem Karmeliterkloster, im Hospital und zu St.
Nicolaus.