Jena
liegt im mittleren Saaletal zwischen teilweise von Mischwäldern
bedeckten Muschelkalk- und Sandsteinhängen (geologische Phänomene
sind unter anderem die Teufelslöcher und die Studentenrutsche).
Auf ihnen kommen zahlreiche z. T. seltene Orchideenarten vor.
Die größte Ausdehnung beträgt von Nord nach Süd 14,7 km und
von Ost nach West 12,2 km. Folgende größeren Städte liegen in
der Nähe von Jena: Gera, ca. 35 km östlich, Erfurt, ca. 40 km
westlich, Weimar, ca. 15 km westlich, Naumburg (Saale), ca.
33 km nordöstlich, Halle (Saale), ca. 70 km nordöstlich, Leipzig,
ca. 75 km nordöstlich und Chemnitz, ca. 94 km östlich, Rudolstadt,
ca. 30 km südlich.