Am
14. Oktober 1806 bekämpfte Napoléon siegreich die preußischen
und sächsischen Armeen in der Doppel-Schlacht bei Jena und Auerstedt.
Die auf den Höhen vor der Stadt geschlagene Schlacht verursachte
der Stadt und der Universität schwere Schäden. Gegen das Napoleonische
Joch regte sich in Jena starker Widerstand besonders unter den
Studenten, die 1813 in Scharen in das Lützowsche Freikorps eintraten.
"Auszug der Jenenser Studenten in den Freiheitskrieg 1813",
gemalt vom Schweizer Maler Ferdinand Hodler für die Universität
Jena im Jahre 19081815 wurde in Jena die Urburschenschaft gegründet,
die Pressefreiheit im Weimarischen Staat gab Gelegenheit zum
Kampf für die nationale Einheit, das Wartburgfest 1817 ging
wesentlich von der Universität Jena aus und erregte das Misstrauen
konservativer deutscher Regierungen, denen die Ermordung August
von Kotzebues durch Karl Ludwig Sand, einen Jenaer Theologiestudenten,
1819 einen willkommenen Anlass zu verstärktem Druck bot, den
auch die Universität Jena in Gestalt eines 1819 eingesetzten
Kurators, durch Einschränkung der Pressefreiheit und Auflösung
der Burschenschaft zu spüren bekam. Als wirtschaftliche Grundlage
ist in der Neuzeit vor allem die Universität anzusehen. Daneben
brachten Feld-, Wein-, Garten- und Hopfenanbau und der Buchdruck
Gewinn. Nach 1800 entstanden kleinere gewerbliche Betriebe,
eine 1820 errichtete Kammgarnspinnerei hatte 1840 als einziges
Unternehmen mehr als 100 Beschäftigte, es führte 1864 die Dampfmaschine
ein. 1830 zählte Jena 5.491 Einwohner. Durch den Bau der Saalbahn
von Großheringen nach Saalfeld 1874 und der Linie Gera-Weimar
1876 wurde die Stadt ein Verkehrsknotenpunkt. 1843 wurde eine
Pianofortefabrik, 1859 eine Ofenfabrik, 1886 eine Zementfabrik,
1895 eine Messwerkzeugfabrik errichtet. Aus der von Carl Zeiss
1846 gegründeten optischen Werkstätte, die 1860 erst 20 Mitarbeiter
hatte, ging unter maßgeblicher Mitwirkung von Ernst Abbe die
seit 1880 in eigenen Fabrikgebäuden arbeitende Weltfirma der
Feinmechanik und Optik hervor, die durch Zusammenarbeit mit
Otto Schott in dem seit 1884 aufgebauten Glaswerk einen wesentlichen
Impuls für ihren Aufstieg erhielt. 1886 wurde das 10.000 Mikroskop
angefertigt. Die Gewinne der 1889 errichteten Carl-Zeiss-Stiftung
kamen in hohem Masse der Universität zugute, die zu jener Zeit
in dem Zoologen Ernst Haeckel einen ihrer berühmtesten Lehrer
besaß, an der 1841 Karl Marx promovierte und die 1908 ein anstelle
des ehemaligen Schlosses erbautes neues Hauptgebäude beziehen
konnte. Die Studentenzahl stieg von 500 zwischen 1800 und 1880
auf 2.000 im Jahre 1914, besonders die naturwissenschaftlichen
und medizinischen Institute wurden ausgebaut. Die Verlage Gustav
Fischer (1878) und Eugen Diederichs (1896) bereicherten das
geistige Leben. 1879 nahm als Nachfolger des 1817 eingerichteten
Oberappellationsgerichts das Oberlandesgericht für alle thüringischen
Staaten seine Geschäfte auf (Neubau 1880).