Am
19. März 1901 wurde das städtische Elektrizitätswerk eröffnet,
und am 1. April 1901 erfolgte die feierliche Inbetriebnahme
der Straßenbahn. Mit der Vereinigung der thüringischen Staaten
1920 wurde Jena Teil des Landes Thüringen, die Stadt 1922 kreisfrei.
Gleichzeitig entstand der Landkreis Jena. Am 1. November 1934
erfolgte die Gründung des „Städtischen Sinfonieorchesters“.
Während der Novemberpogrome 1938 kam es in der Stadt zu antijüdischen
Ausschreitungen, jüdische Geschäfte wurden boykottiert und das
Leben der jüdischen Bevölkerung erheblich erschwert. Im Zweiten
Weltkrieg richteten alliierte Bombenangriffe besonders im Februar
und März 1945 zahlreiche Zerstörungen an. Beim Beschuss der
Stadt durch US-amerikanische Artillerie am 11. April 1945 starben
40 Menschen. Am 13. April 1945 besetzten US-amerikanische Truppen
kampflos die Stadt, am 1. Juli 1945 zogen die Einheiten der
sowjetischen Armee ein. Bei Kriegsende waren etwa 15 Prozent
der Stadt zerstört und 800 Menschen bei den Luftangriffen gestorben.
Im Zuge des nun einsetzenden Wiederaufbaus nahm am 15. Oktober
1945 die Universität Jena als erste deutsche Universität den
Lehrbetrieb wieder auf. 1946 wurden die Firmen Zeiss und Schott
zu 94 Prozent demontiert und über 300 Spezialisten aus beiden
Werken in die UdSSR gebracht, um die Werke dort neu aufzubauen.
1950 wurde der pharmazeutische Großbetrieb „Jenapharm“ gegründet.
Während der DDR-Zeit gehörte die Stadt von 1952 bis 1990 zum
Bezirk Gera. Beim Volksaufstand des 17. Juni 1953 kam es zu
Protesten von etwa 30.000 Bürgern der Stadt gegen Maßnahmen
der DDR-Regierung. Die Demonstranten forderten freie Wahlen
und die deutsche Einheit sowie den Rücktritt der Regierung.
Um die Proteste niederzuschlagen, trafen sowjetische Panzer
in der Stadt ein. Der Ausnahmezustand wurde verhängt und mehrere
100 Menschen verhaftet. Am 18. Juni 1953 erfolgte im Gebäude
der sowjetischen Kommandantur in Weimar die Hinrichtung des
1927 in Jena geborenen Schlossers Alfred Diener. Er hatte mit
zwei Delegierten der Kohlearbeiter im Büro des Ersten Sekretärs
der SED-Kreisleitung die Forderungen der Demonstranten vorgetragen.
1957 erfolgte die Einführung der Großblockbauweise auch in Jena.
Zwischen 1965 und 1975 entstand das Neubaugebiet Jena-Lobeda-West.
Mit der Neugestaltung des Stadtzentrums ab 1968 wurde die historische
Innenstadt um den Eichplatz abgerissen und das Hochhaus der
Universität errichtet. Im selben Jahr erfolgte die Gründung
des Jenaer Madrigalkreises, Kammerchor der Jenaer Philharmonie.
1969 erhielt das „Sinfonieorchester Jena“ den Namen „Jenaer
Philharmonie“. Zwischen 1971 und 1983 entstand das Neubaugebiet
Jena-Lobeda-Ost. 1975 überschritt die Einwohnerzahl der Stadt
die Grenze von 100.000, wodurch Jena zur 14. Großstadt der DDR
wurde. 1986 erfolgte die Fertigstellung des Wohngebietes am
Rähmen. Mitte der 1970er Jahre wurde Jena zu einem bedeutendem
Zentrum der demokratischen Opposition und des Widerstands in
der DDR. Während der Wende in der DDR fand 1989 auf dem Zentralen
Platz bei einem Bürgerforum mit rund 40.000 Teilnehmern die
größte Demonstration in der Geschichte Jenas statt. Bei der
Kreisreform zum 1. Juli 1994 wurde der Landkreis Jena Teil des
Saale-Holzland-Kreises.