Vor
der Christianisierung der Gegend um Jena lebten hier im 3.-6.
Jh. die Thüringer, welche aus mehreren Stämmen zu einem Stammesverband
verschmolzen sind. Durch die vielfältigen Kontakte mit Rom und
dem Ostgotenreich kam es frühzeitig zu Einflüssen des Christentums,
zumindest auf die Adelsgeschlechter. Vorrangig wurde dem arianischen
Christentum nachgegangen. In einigen Gebieten lassen sich noch
ältere Kulte, die aus dem römischen Reich übernommen wurden,
nachweisen (Dianakult usw.). Die Thüringer hingen zunächst nordischen
Göttern an. Dieser Glaube war bis ins 8. Jh. vorherrschend für
das Gebiet, in dem später Jena entstand. Hinzu kamen im 7. Jh.
die slawischen Einwanderer, die ihre Gottheiten mitbrachten
und Tempel errichteten. Erst mit der Mission des Bonifacius
wurde schließlich das Christentum in der Gegend eingeführt.
Erste Pfarreien sind westlich von Jena im Raum Erfurt/Arnstadt
im 8. Jh. nachweisbar. Eine Festigung des römisch-katholischen
Glaubens fand aber erst im 10. Jh. statt. Die Bevölkerung des
Gebietes um Jena gehörte ursprünglich ins eigens dafür geschaffene
Bistum Erfurt. Dieses hatte allerdings nicht lange Bestand.
Somit kam die Gegend an das Bistum Mainz. Das es vorher ältere
Kirchenstrukturen in der Gegend gab, zeigte sich darin, dass
die alten „Urpfarreien“ über die neu geschaffenen Bistumsgrenzen
hinaus eine Reihe von Pfarrrechten weiterhin unterhielten (z.B.
Lobeda, Wenigenjena usw.). Die Stadt war direkt dem Dekanat
Oberweimar innerhalb des Archidiakonat Beatae Mariae virginis
in Erfurt zugeordnet. Das ab 1909 eingemeindete Gebiet rechts
der Saale gehörte zum Bistum Naumburg, obwohl im Mittelalter
Jena auch die Pfarrrechte in Wenigenjena und Camsdorf besaß.
1252 wird erstmals ein Geistlicher in Jena erwähnt. 1523 wurde
die erste reformatorische Predigt in Jena gehalten. Es kam zu
schweren Auseinandersetzungen zwischen den einzelnen Richtungen
der reformatorischen Bewegung (Lutheraner, Flacianer usw.),
infolgedessen die Reformation schnell Fuß fasste und Jena zu
einem Zentrum des Luthertums als neuer Weltanschauung wurde.
Über lange Zeit war Jena eine überwiegend protestantische Stadt.
Vorherrschend war das lutherische Bekenntnis, zumal Martin Luther
mehrmals persönlich in Jena weilte. Anstelle des Papstes hatte
der Landesherr die Führung der sogenannten „ev. luth. Landeskirche“
übernommen. Damit teilte die Kirche in Jena die Geschicke der
jeweiligen Landesherren. Die „Evangelisch-Lutherische Kirche
des Großherzogtums Sachsen“, zum dem Jena seit dem 18. Jh. gehörte
(damals noch Herzogtum Sachsen-Weimar), schloss sich nach 1920
mit den anderen Landeskirchen Thüringens zur „Thüringer Evangelischen
Kirche“ zusammen. 1948 nannte sie sich in Evangelisch-Lutherische
Kirche in Thüringen um. Jena ist Sitz einer Superintendentur
der Landeskirche innerhalb des Aufsichtsbezirks Ost, dessen
Kreiskirchenamt sich in Gera befindet. Die heute bestehenden
evangelisch-lutherischen Pfarrämter Jenas gehören somit alle
zur Superintendentur Jena. Spätestens seit dem 19. Jh. zogen
auch wieder Bürger mit katholischem Bekenntnis in die Stadt.
Die kleine Gemeinde erhielt seinerzeit die Ruine der Kirche
„St. Johannes Baptist“, der ältesten noch stehenden Kirche Jenas,
in der bis zur Reformation neben der Hallenkirche St. Michael,
Amtshandlungen (vor allem Beerdigungen) vorgenommen wurden,
welche dann aber verfiel. Die kleine katholische Gemeinde wurde
jedoch bereits 1813 wieder aufgelöst und die Katholiken von
Weimar aus betreut. Erst 1905 wurde die Pfarrei wieder errichtet.
Die Kirchenruine wurde zur heutigen Pfarrkirche ausgebaut, wobei
damals ein Längsschiff Richtung Westen gebaut wurde und der
Altar in eine neue Apsis im Westen verlegt wurde. Durch Vertreibung
und Verfolgung waren nach dem Zweiten Weltkrieg mehr als 14.000
Katholiken in Jena. Die Pfarrkirche hatte zum damaligen Zeitpunkt
sowenig Kapazität, dass trotz acht Sonntagsgottesdiensten und
Außenstellen in den umliegenden Dörfern nicht alle Gottesdienstbesucher
Platz fanden. Darum baute man 1957–1959 den Altar wieder aus
der Apsis im Westen aus und stellte ihn in den damaligen Eingangsbereich
im Osten. Dafür zog man in der ehemaligen Apsis eine Empore
ein. Die Apsis ist heute noch an ihren schön gestalteten Chorfenstern
zu erkennen. Ab 1821 gehörte die Pfarrgemeinde zum Gebiet des
Bistums Paderborn. Mit dem Preußischen Konkordat von 1929 kam
die Gemeinde in Jena zum Bistum Fulda. Nach dem Zweiten Weltkrieg
geschah die Verwaltung der Gemeinde in Jena durch einen Generalvikar
mit Sitz in Erfurt. Mit der 1973 erfolgten Einrichtung des Bischöflichen
Amtes Erfurt-Meiningen und der Erhebung von 1994 zum Bistum
Erfurt wurde der Erfurter Bischof für Jena zuständig. Die Pfarrgemeinde
in Jena gehört somit heute zum Dekanat Weimar innerhalb des
Bistums Erfurt. Da einige später eingemeindete östliche Ortsteile
dem Gebiet des Bistum Dresden-Meißen zugehören, ist der Pfarrer
der Jenaer Gemeinde zusätzlich Kaplan der benachbarten Stadtrodaer
Gemeinde, um auch offiziell die Katholiken seelsorgerisch betreuen
zu können, die hinter der Bistumsgrenze leben. Die Pfarrei betreut
auch Katholiken außerhalb Jenas und ist mit ca. 5000 Mitgliedern
eine der größten Pfarreien im Bistum Erfurt und eine der größten
Diasporagemeinden in Ostdeutschland. Darüber hinaus gibt es
auch noch Gemeinden, die zu den Freikirchen gehören, darunter
die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten), die Gemeinde
der Evangelisch-methodistischen Kirche, die Adventgemeinde,
die Selbständige Evangelisch-Lutherische Kirche (SELK) und die
Christliche Gemeinde Lobeda. Neben den christlichen Kirchen
gibt es aber auch noch eine kleine jüdische Gemeinde. Sie hat
ca. 150 Mitglieder und ist in den letzten Jahren durch den Zuzug
jüdischer Menschen aus Russland entstanden. Die Gemeinde ist
noch nicht als selbstständig anerkannt worden und wird deshalb
von der Erfurter Gemeinde betreut. Die Gemeinde hat ein kleines
Gemeindezentrum, aber keine Synagoge.