Im
Stadtzentrum befindet sich die spätgotische dreischiffige Stadtkirche
St. Michael, die evangelische Parochialkirche (Hauptkirche)
Jenas. Ihr Vorgängerbau, eine altromanische Pfarrkirche, erfuhr
mehrere Umbauten; die größten wurden bei der 1301 erfolgten
Errichtung des Zisterzienser-Nonnenklosters (heute nicht mehr
existent) vorgenommen. Über das Alter dieses Vorgängerbaus gibt
es unterschiedliche Lehrmeinungen. Höchstwahrscheinlich ist
er infolge der Entstehung der deutschen Marktsiedlung im 12.
Jahrhundert entstanden, als Nachfolger der heute in Wenigenjena
stehenden Kirche. Die heutige Hallenkirche wurde nach zwei Vorgängerbauten
1380 - 1506 (Fertigstellung des Langhauses) errichtet; der Turm
wurde von 1486 - 1557 erbaut. Sie gilt als größte Hallenkirche
Ostthüringens. Martin Luther hatte hier mehrmals gepredigt;
sein Grabstein (aber nicht sein Grab) befindet sich seit 1571
hier. Erwähnenswert ist die restaurierte renaissance Einzeigeruhr
der Kirche. Teile der römisch-katholischen Kirche St. Johannes
Baptist im Stadtzentrum in der Wagnergasse bestehen bereits
seit dem 9. Jahrhundert. Daher gilt die Kirche als eine der
ältesten Jenas. Nahe der katholischen Kirche steht die ehemalige
Garnisonskirche Friedenskirche, eigentlich Johann-Georgs-Kirche.
Nachdem Jena 1672 Hauptstadt des Herzogtums Sachsen-Weimar wurde,
erbaute man 1686 - 1693 auf Anraten Johann-Georgs II., Herzog
von Sachsen-Eisenach, die Kirche auf dem Gelände des alten Johannisfriedhofes.
Sie wurde nach ihrem Begründer benannt. Eine wichtige Rolle
in der Stadtgeschichte spielten weitere Kirchen, wie z.B. die
Kollegienkirche, welche die Universitätskirche des Collegium
Jenense war, entstanden aus dem ehemaligen Dominikanerkloster
am Südwest-Ende der Altstadt. Unweit davon befand sich, am Engelplatz,
das Karmeliterkloster. Für die Reisenden und Kranken war vor
allem die Kirche St. Nicolaus ein Ort des Gebetes, die vor der
Stadt im Bereich des heutigen Spittelplatzes stand. Einer der
Vorgängerbauten der Schillerkirche „Unseren lieben Frauen“ St.
Marien war nach Meinung einiger Forscher die Kirche des alten
„Jani“, die auch 937 im Zusammenhang mit der Burg Kirchberg
erwähnt wird. Die ersten Teile der heutige Schillerkirche wurden
im 14. - 15. Jahrhundert errichtet; das Bau des Langhaus wurde
erst 1557 „provisorisch“ beendet. Die Kirche erhielt ihren Namen,
weil hier am 22. Februar 1790 Friedrich Schiller und Charlotte
von Lengefeld getraut wurden. Die Überbleibsel des Sitzes der
ehemaligen Deutschordensballei Thüringen stellt die Dorfkirche
St. Marien in Zwätzen dar. Die Kirche St. Peter in Lobeda ist
wahrscheinlich die älteste Kirche im Gebiet um Jena, da es sich
hier um eine sogenannte Urpfarrei handelt, die bis zur Reformation
Zentrum des Dekanats Lobeda innerhalb des Bistums Naumburg war.
In der Kirche in Drackendorf befindet sich die Grabstätte der
Familie von Ziegesar, engen Freunden von Goethe. Ebenfalls predigte
hier der „Vogelpastor“ Christian Ludwig Brehm. Nach neuesten
Forschungen entstand aus dem im 9. Jahrhundert erwähnten Liuthraha
der Ort Leutra mit der ehemaligen Wehrkirche im Leutratal.