In
Jena hat die Holz- und Papierherstellung lange Tradition. Heute
gibt es jedoch nur noch eine Papierfabrik in Porstendorf. Ab
dem 19. Jahrhundert wurde in Jena die Glas- und Optikindustrie
ansässig. Durch Erfindungen, die das Mikroskop revolutionierten
und die Entwicklung des Planetariums sind die ansässigen Unternehmen
heute weltweit bekannt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die
Unternehmen Carl Zeiss Jena GmbH und SCHOTT JENAer GLAS GmbH
durch emigrierte Wissenschaftler und Angestellte in Westdeutschland
neu gegründet. Bis Juli 1945 deportierten die amerikanischen
Besatzer einen Großteil des Know-hows, in Form von Wissenschaftlern
und Aufzeichnungen in ihre Besatzungszone. Danach erfolgte unter
der russischen Besetzung die Demontage der Industrie und deren
Deportation nach Russland. Anfangs baute die Jenaer Bevölkerung
die Städtische Industrie selbst per Hand wieder auf, bis auch
die russischen Besatzer die neugegründete DDR durch Wiederaufbau
stärkte, um sie gegen die Bundesrepublik Deutschland zu wappnen.
Später entstand das Kombinat VEB Carl Zeiss Jena. Die Schottwerke
wurden ebenfalls in ein Kombinat umgewandelt. Zusätzlich entstand
in der DDR-Zeit in Jena ein pharmazeutischer Zweig in Form der
Jenapharm. Nach der Wende wurde das volkseigene Großkombinat
Carl Zeiss, welches fast alle optischen Unternehmen innerhalb
der DDR innehatte, privatisiert. Carl Zeiss Oberkochen übernahm
die Verantwortung für das optische Kerngeschäft. Für den überwiegenden
Teil der Jenaer Werke wurde ein Sanierer gesucht – und mit Lothar
Späth gefunden. In Jena entstand somit die Carl Zeiss Jena GmbH
als Tochterunternehmen von Zeiss Oberkochen und die Jenoptik
GmbH als Rechtsnachfolgerin des ehemaligen Kombinats mit Späth
an der Spitze. 1996 wagte die Jenoptik als Aktiengesellschaft
den Schritt an die Börse. Inzwischen hat sich die optische Industrie
in Jena ausgezeichnet entwickelt: eine Vielzahl hoch innovativer
neuer Unternehmen ist entstanden, die den Weltmarkt mitbestimmen
und teilweise sogar anführen. Die Interessen der Unternehmen
und Institute auf dem Gebiet der Optischen Technologien werden
vom Firmenverbund OptoNet e.V. vertreten. Im Zuge der erfolgreichen
Bewerbung als BioRegion haben sich außerdem zahlreiche Biotechnologieunternehmen
gegründet. Mit der Intershop Communications AG entstand eine
Firma zur Entwicklung von Software für den sogenannten eCommerce.
Nach finanziellen Schwierigkeiten sind heute nur noch ein kleiner
Teil an Mitarbeitern übrig geblieben. Der Name Intershop ist
eine Anspielung auf die Intershop-Läden in der DDR, in denen
Westware gegen Westgeld verkauft wurde. Daneben sind auch einige
kleine Unternehmen im Bereich des Internethandels tätig. Sie
sind zum Teil mit ehemaligen Mitarbeitern von Intershop Communications
AG gegründet worden. Die Firma VEB Jenapharm suchte nach der
Wende zur Privatisierung einen Käufer und fand diesen in der
Gehe AG und wurde dann später durch die Schering AG übernommen.
Eine ganze Reihe pharmazeutischer Institute und Firmen haben
sich in deren Umfeld in Jena angesiedelt. Sie hat sich als Marktführer
im Bereich der oralen Kontrazeptiva in Deutschland etabliert.
Im Bereich Sicherheitstechnik hat der US-amerikanische Crossmatch-Konzern
seit der Übernahme der britischen Smiths Heimann Biometrics-Gruppe
(SHB) im August 2005 eine Zweigstelle in Jena. Hewlett Packard,
zuvor schon Kooperationspartner von Intershop Communications,
hat nach dem Kauf eines Online-Bilder-Dienstes 2005 eine Niederlassung
in der Stadt.