Die
Stadt ist ein Bahnknotenpunkt. Hier kreuzen sich die Fernstrecke
München–Nürnberg–Halle/Leipzig–Berlin und die Mitte-Deutschland-Verbindung
Weimar–Glauchau (auch Weimaer-Geraer Bahn, "Holzlandbahn").
Jena verfügt über drei Bahnhöfe und drei Haltepunkte. Alle Züge
in Ost-West-Richtung fahren über den Haltepunkt „Neue Schenke“
am südöstlichen Rand der Stadt, den Bahnhof Göschwitz (Saale)
und den Bahnhof Jena West (Westbahnhof genannt, früher Weimar-Geraer
Bahnhof). Die Verbindungen in Nord-Süd-Richtung (Saalbahn) verlaufen
über den Haltepunkt Jena-Zwätzen, den Saalbahnhof (bis 2001
der Fernverkehrshalt Jenas), den Haltepunkt Jena Paradies (ICE/IC/EN-Halt)
und den Bahnhof Göschwitz (Saale). Die beiden Bahnstrecken treffen
sich weit außerhalb des Stadtzentrums am Bahnhof Göschwitz ,
der in den 1970er und 1980er Jahren als Hauptbahnhof geplant
war. Am 12. Juni 2005 wurde der neu errichtete, moderne ICE-Bahnhof
Jena Paradies eröffnet, der die ab 2001 genutzten, provisorischen
Holzbahnsteige ablöste. Den Öffentlichen Personennahverkehr
(ÖPNV) bedienen Straßenbahn- und Buslinien der Jenaer Nahverkehrsgesellschaft
mbH (JeNah). Das Straßenbahnnetz bereichern auch zwei Nachtlinien,
die im 30- (selten 40-) Minuten-Takt, teilweise rund um die
Uhr, verkehren. Einige Ortschaften können nur mit dem überregionalen
Personennahverkehr der JES Verkehrsgesellschaft mbH erreicht
werden, was aber oftmals nur Mo-Fr bzw. an Schultagen morgens/nachmittags
möglich ist. Aufgrund mehrerer Staustufen ist die Saale bei
Jena heute nicht mehr schiffbar. Früher war hier ein Anlegepunkt
für kleinere Transportschiffe und durch Jena wurde das Holz
aus dem Thüringer Holzland geflößt. Durch das südliche Stadtgebiet
führt in West-Ost-Richtung die Bundesautobahn 4 Erfurt–Dresden.
Die Stadt hat Anschlussstellen in Jena-Göschwitz und Jena-Lobeda.
Ferner führen die Bundesstraße 7 und die Bundesstraße 88 durch
Jena.